1631
Wieder zurück in München wurde sie am 7. Februar 1631 verhaftet und im Angerkloster inhaftiert.
Noch immer wartete sie auf den Entscheid des Papstes. Ihren Gefährtinnen schrieb sie heimlich Briefe, um sie zu ermutigen: „Es geschieht nur, was Gott will.“
Mitte April durfte Mary ihr Gefängnis verlassen, unter der Auflage, sich in Rom vor der Inquisition für ihr Tun zu verantworten. Im Mai 1631 erschien die päpstliche Aufhebungsbulle.